Visualisation I : nuage de points

chart(data = urchin, gonads~weight %col=% origin) +
  geom_point(na.rm = TRUE)

Le graphique en nuage de point correspond à la masse des gonades de l’oursin en fonction de la masse totale de l’oursin. Ce graphique présente une croissance exponentielle. Les oursins élevés dans des fermes dominent au niveau de leur masse totale contrairement aux oursins pêchés. On observe un amas de points entre 0 et 25g sur l’axe des abscisses. On observe également que lorsque la masse des gonades vaut 15g, elle est liée à une masse totale des oursins pêchés égale à environ 80g.

chart( data = urchin, height ~ gonads) + 
  geom_point( na.rm = TRUE )

Le graphique traduit une tendance croissante du poids des gonades lorsque la hauteur du test (mm) est également en augmentation. Cependant, l’augmentation n’est pas proportionnelle étant donné que lorsque nous arrivons aux alentours d’une taille de test de 25mm, on a une grande variation dans le poids des gonades.

urchin %>.% 
  sfilter( ., origin == "Farm")%->%
  urchin_plot_add

chart( data = urchin_plot_add, dry_digestive_tract ~ dry_gonads)+
  geom_point(alpha = 0.5)

## Warning: Removed 1 rows containing missing values (geom_point).

On remarque que lorsque la masse du système digestif est plus grande chez les oursins issus uniquement des fermes, les gonades ont également tendance à plus se développer. La différence est surtout remarquable à partir d’un poids de 0,5g de masse sèche de tube digestif.

Visualisation II : distribution

urchin$maturity <- as.factor(urchin$maturity)
chart(data = urchin, ~dry_gonads %fill=% maturity) +
  geom_histogram(bins = 10) +
  scale_fill_viridis_d() +
  labs(y = "Effectifs", fill = "Maturité des gamètes")

## Warning: Removed 1 rows containing non-finite values (stat_bin).

On remarque malgré le faible effectif des gamètes matures que plus les gamètes sont matures, plus elles sont lourdes.

chart(data = urchin, ~gonads %shape=% origin %col=% origin|maturity ) +
  geom_density() +
  ylab("Effectifs")+
  ylim(0,0.75)

## Warning: Removed 1 rows containing non-finite values (stat_density).

Pour le stade 0 , il n’y a pas de grandes difference pour le poids des gonades en fonction de l’origine . Pour le stade 1, Nous pouvons voir que les oursins pêchés ont majoritairement un poids entre 0 et 5 g alors que les oursins d’élevage sont repartis entre 0 et 10 g.Pour le stade 2, les oursins pêchés ont des pics à 2 g ,5 g et 8 g tandis que les oursins d’élevage sont répartis assez également entre 0 et 15 g.

Visualisation III : graphique en barre et boite de dispersion

urchin  %>.%
  sfilter(., sex != "NA") %->%
  urchin
 
a <- chart(data = urchin, ~ origin %fill=% sex)+
  geom_bar(position = "dodge")+
    ylab("Effectifs")

b <- chart(data = urchin, ~ gonads %fill=% sex | origin)+
  geom_histogram(bins = 05)+
  ylab("Effectifs")

combine_charts(list(a,b), common.legend = TRUE)

Grâce au graphique en barre (A), on remarque que les oursins mâles d’élevages sont plus nombreux que les oursins mâles pêchés. On constate également qu’il s’agit du schéma inverse pour les femelles, c’est-à-dire que les femelles pêchées sont plus nombreuses que les femelles d’élevages. Le graphique B (qui est en corrélation avec le graphique A), démontre que les oursins mâles ET femelles d’élevages ont une masse de gonades plus élevée contrairement aux oursins pêchés qui ont une masse de gonades plus faible. Les oursins d’élevages ont probablement de meilleures conditions de croissance que les oursins sauvages.

a <- chart(data = urchin, diameter2 ~ origin %fill=% origin)+
  scale_fill_viridis_d()+
  geom_boxplot(alpha = 0.5)

b <- chart( data = urchin, gonads ~ origin )+
  geom_violin(fill = "grey", col="black")

combine_charts(list(a,b))

A l’aide de ce graphique A , on peut voir que malgré les origines différentes, dans les 2 cas le diamètre tourne entre 20 et 40 mm, même si pour les individus issus des fermes il semblerait que plus de variations au niveau des tailles soient possibles. Avec le graphique B, nous avions établi précédemment que les gonades sauvages avaient tendance à être moins lourdes que celles issues des fermes. Il est donc possible que le fait d’avoir des tests un peu plus larges pour les oursins de fermes puissent permettre à la gonade d’atteindre un poids plus important.

Transformation des données I et II

urchin %>.%
sgroup_by(., maturity, origin) |> ssummarise(
   "mean_gonads" = (round(fmean(gonads, na.rm = TRUE), digits = 1)),
  "n_obs" = fn(gonads)) %>.%
  sdrop_na(.)%->% urchin_t1
knitr::kable(urchin_t1)

On remarque que la masse moyenne des gonades d’oursins d’élevage est bien plus élevée que celle des oursins sauvages. Naturellement on observe aussi que les gamètes matures sont plus lourdes.

 urchin %>.% 
  sgroup_by (., weight , gonads,origin )|>ssummarise ("pourcentage_gonads" = (gonads/weight)*100 ) %>.%
  sfilter (.,pourcentage_gonads > 15)%->% urchin_t2
knitr::kable(urchin_t2)

Le tableau nous montre que les oursins avec un ratio masse des gonades / masse totale plus important sont les oursins provenant de la pêche . Contrairement à ce que l’on pourrait penser, les gonades se développent donc mieux en mer que dans des aquariums où les conditions sont contrôlées .