SciViews::R(lang = "fr")

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Objectif

Analyse graphique du jeu de données data.io::zooplankton.

Analyses graphiques

zoo <- read(file = "zooplankton", package = "data.io")
names(zoo)

##  [1] "ecd"          "area"         "perimeter"    "feret"        "major"       
##  [6] "minor"        "mean"         "mode"         "min"          "max"         
## [11] "std_dev"      "range"        "size"         "aspect"       "elongation"  
## [16] "compactness"  "transparency" "circularity"  "density"      "class"

chart(data=zoo,~ecd)+
  geom_histogram(bins=10)

chart(data=zoo,~ecd)+
  geom_histogram(bins=25)

chart(data=zoo,~ecd)+
  geom_histogram(bins=40)

chart(data=zoo,~ecd)+
  geom_histogram(bins=55)

# Graphique sélectionné et mis au net
chart(data=zoo,~ecd)+
  geom_histogram(bins=25)+
ylab("Effectifs")

Le graphique des diamètre ciculaire équivalent répresentant 25 classes est pertinant car les valeurs après 2 mm sont moins presentes et ne risquent pas de creer des interférences.Les classes présentes vers 1 mm ne sont pas les plus précises mais restent très lisibles tout en apportant assez d’informations.

chart(data=zoo,~perimeter)+
  geom_density()

Le graphique représente le périmetre du zooplancton en mm . Celui-ci est asymétrique et unimodal.Le périmètre du zooplancton se situe majoritairement entre 0 et 25 mm. Nous ne pouvons pas savoir précisment l’endroit où se situe le pic de densité .

chart(data=zoo,area~class%fill=%class)+
  geom_violin(show.legend = FALSE)+
  coord_flip()

Ce graphique en violon represente l’aire chaque classe de zooplancton . Nous pouvons remarquer que les cnidaires ont une aires très variables qui varie de 0 à plus de 40 mm^2 . La majorité des classes ont une aire proche de 0 mm^2

 chart(data=zoo,class~area %fill=% class)+
  ggridges::geom_density_ridges(show.legend = FALSE)

## Picking joint bandwidth of 0.201

Le graphique représente l’aire (en mm^2) de différentes classes . Nous pouvons remarquer differents pics reguliers entre 5 et 20 mm^2 ainsi qu’à 40 mm^2 pour les cnidaires .La plupart des classes possedent un pic vers 0 mm ^2 sauf les cnidaires et les chaetognathes qui possèdent des graphiques plus dispersés sans pic remarquable.

# Réduction du jeu de données zoo
zoo_sub <- sfilter(zoo, class %in% c("Poecilostomatoid", "Calanoid", "Cyclopoid", "Harpacticoid"))

chart(data= zoo_sub,~feret %fill=% class| class)+
geom_histogram(data=fselect(zoo_sub, -class),
 fill="grey",bins=25)+
   geom_histogram(show_legend=FALSE,bins=25)+
ylab("Effectifs")

## Warning: Ignoring unknown parameters: show_legend

Les 4 graphiques représentent le diamètre de Feret en mm .Certaines classes ont des teandances générales, d’autres non.La plupart ont un diametre entre 0 et 2 mm sauf une classe dont la majorité se trouve entre 2 et 4.

chart(data=zoo_sub,~size %fill=% class |class)+
  geom_density(bins=20 )

## Warning: Ignoring unknown parameters: bins

Les graphiques représentes la tailles des différentes classes en mm. Nous pouvons voir que deux pics sont présents chez deux classes. Les deux autres n’ont pas de tendances générales.

chart(data=zoo_sub, ~compactness)+
  geom_histogram(bins=20)

Le graphique représente la compacité du zooplancton. Nous pouvons observer que la majorité se trouve entre 0 et 10.Le graphique est unimodal.