SciViews::R(lang = "fr")

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Objectif

Analyse graphique du jeu de données data.io::zooplankton.

Analyses graphiques

zoo <- read(file = "zooplankton", package = "data.io")
names(zoo)

##  [1] "ecd"          "area"         "perimeter"    "feret"        "major"       
##  [6] "minor"        "mean"         "mode"         "min"          "max"         
## [11] "std_dev"      "range"        "size"         "aspect"       "elongation"  
## [16] "compactness"  "transparency" "circularity"  "density"      "class"

chart(data=zoo, ~ecd) +
  geom_histogram(bins=10)

chart(data=zoo, ~ecd) +
  geom_histogram(bins=25)

chart(data=zoo, ~ecd) +
  geom_histogram(bins=40)

chart(data=zoo, ~ecd) +
  geom_histogram(bins=55)

# Graphique sélectionné et mis au net
chart(data=zoo, ~size) +
  geom_histogram(bins=40) +
  ylab("Effectifs")

Le graphique représente le nombre d’oursins qui ont la même taille de diamètre du cercle équivalent (en mm). Le graphique est unimodal asymétrique. On remarque que la plupart des oursins ont un diamètre du cercle équivalent d’environ 0.8 mm.

chart(data=zoo, ~perimeter) +
  geom_density()

Le graphique présente la densité des oursins qui ont le même périmètre (en mm). Le graphique est unimodal asymétrique. On peut voir qu’il y a un pic de densité vers 5 mm.

chart(data=zoo, area~class %fill=% class) +
  geom_violin(show.legend = FALSE) +
  coord_flip()

Le graphique présente l’aire (en mm^2) en fonction des différentes classes. La plupart des classes ont des aires de environ 1 mm^2. On remarque que les cnidaires peuvent avoir une aire très grande comparé aux autres classes (jusqu’à plus de 40 mm^2).

 chart(data=zoo, class~area %fill=% class) +
  ggridges::geom_density_ridges(show.legend = FALSE)

## Picking joint bandwidth of 0.201

Ce graphique présente l’aire (en mm^2) en fonction des différentes classes. La plupart des classes ont un pic d’aire à 1 mm^2. La classe qui a la plus grande aire est celle des cnidaires (jusqu’à 42 mm^2).

# Réduction du jeu de données zoo
zoo_sub <- sfilter(zoo, class %in% c("Poecilostomatoid", "Calanoid", "Cyclopoid", "Harpacticoid"))

chart(data=zoo_sub, ~feret | class) +
  geom_histogram(data=fselect(zoo_sub, -class),
    fill = "grey", bins = 25) +
  geom_histogram(show.legend = FALSE, bins=25) +
  ylab("Effectifs")

Les 4 graphiques présentent les effectifs des diamètres de Feret (en mm)pour les 4 différentes classes. On peut voir que dans la classe des Harpacticoid ils sont peu nombreux mais ont un grand diamètre. Les effectifs les plus nombreux sont dans la classe des Calanoid et leur diamètre est assez variable, entre 0.4 jusqu’à 6 mm.

chart(data=zoo_sub, ~size) +
  geom_histogram(bins=20) +
  ylab("Effectifs")

Le graphique représente les effectifs en fonction de la taille.

chart(data=zoo_sub, range~class %fill=% class) +
  geom_violin(show.legend= FALSE)

Le graphique représente l’étendue des D.O. en fonction des 4 classes. On remarque que les Cyclopoid sont moins étendus que les Poeciloctomatoid.