SciViews::R(lang = "fr")

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Objectif

Analyse graphique du jeu de données data.io::zooplankton.

Analyses graphiques

zoo <- read(file = "zooplankton", package = "data.io")
names(zoo)

##  [1] "ecd"          "area"         "perimeter"    "feret"        "major"       
##  [6] "minor"        "mean"         "mode"         "min"          "max"         
## [11] "std_dev"      "range"        "size"         "aspect"       "elongation"  
## [16] "compactness"  "transparency" "circularity"  "density"      "class"

chart(data = zoo, ~ ecd) +
geom_histogram(bins = 10)

chart(data = zoo, ~ ecd) +
geom_histogram(bins = 25)

chart(data = zoo, ~ ecd) +
geom_histogram(bins = 40)

chart(data = zoo, ~ ecd) +
geom_histogram(bins = 50)

Plus le nombre de bins augmente, plus le count de l’ordonnée est grand. Les batônnets de l’histogramme sont aussi de plus en plus fins en fonction de l’augmentation des bins.

# Graphique sélectionné et mis au net
chart(data = zoo, ~ ecd) +
geom_histogram(bins = 40) +
ylab("Effectifs")

Ce graphique représente les analyses d’image du zooplancton de Tulear ( Madagascar ) selon le nombre d’effectifs en fonction du diamètre circulaire équivalent en mm. On peut voir que pour une grande partie des effectifs, le diamètre équivaut à moins de 2,5 mm. Les effectifs ayant un diamètre cirucliare équivalent supérieur à 4,5 mm sont extrêmement peu nombreux.

chart(data = zoo, ~ perimeter) +
geom_density()

Ce graphique représente la desnité en fonction du périmètre en mm. Nous pouvons observer un pic de densité pour un périmètre qu’on peut penser être dans les environs de 5. La courbe a une croissance plutôt linéaire horizontale à partir de 25 mm de périmètre ce qui indique que ce type d’individu est assez rare. Nous pouvons également observer deux minima aux alentours des périmètres de 13 et 20 mm ainsi qu’un maximum entre ceux-ci plus ou moins équivalent à 16 mm.

chart(data = zoo, class ~ area %fill=% class %col=% class) +
  geom_violin(show.legend = FALSE)

Ce graphique représente la distribution de l’aire d’individus en mm^2 en fonction de leur classe. Nous pouvons observer que la classe des Cladoceran possède la moins grande aire mais que les Cnidarian sont les individus avec les aires les plus importantes. La plus petite aire possible se situe aux alentours de 0 mais la plus grande se situe après 40 mm¨2.

chart(data = zoo, class ~ area %fill=% class %col=% class) +
ggridges::geom_density_ridges(show.legend = FALSE)

## Picking joint bandwidth of 0.201

Ce graphique représente la classe en fonction de l’aire en mm^2. Nous pouvons apercevoir que la distribution se fait généralement aux mêmes niveaux d’aires pour toutes les classes (entre 0 et 3 mm^2). Les Cnidarian ainsi que les Chaetognath ont une distribution plutôt disparate. Ce sont les Protist et les Cladoceran qui possèdent les plus grands pics.

# Réduction du jeu de données zoo
zoo_sub <- sfilter(zoo, class %in% c("Poecilostomatoid", "Calanoid", "Cyclopoid", "Harpacticoid"))

chart(data = zoo_sub, ~ feret %fill=% class| class) +
geom_histogram(data = sselect(zoo_sub, -class), fill = "grey", bins = 25) + geom_histogram(bins = 25, show.legend = FALSE) 

ylab("Effectifs")

## $y
## [1] "Effectifs"
## 
## attr(,"class")
## [1] "labels"

Ce graphique représente le diamètre mesuré le plus large en mm en fonction de la classe. On peut observer que la classe la moins représentée est celle des Harpacticoid et la plus représentée celle des Calanoid. Chez les Poecilostomatoid, il y a un pic de diamètre en 1,5 mm. Le diamètre des Calanoid est très ecclectique.

chart(data = zoo_sub, ~ major) + 
  geom_histogram(bins = 15)

La taille de l’axe majeur de L’éllipsoide en mm la plus représentée est située entre 0,7 et 0,9 mm. La moins représentée est entre 0 et 0,5 mm.

chart(data = zoo_sub, minor ~ major) +
  geom_violin()

La taille de l’axe mineur de l’ellipsoide en mm en fonction de l’axe majeur de l’ellipsoide en mm la plus fréquente est située aux alentours de 1.5 mm. La plus grande distribution de l’axe mineur de l’ellipsoide se trouve entre 0 et 0.75mm.