SciViews::R(lang = "fr")

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Objectif

Analyse graphique du jeu de données data.io::zooplankton.

Analyses graphiques

zoo <- read(file = "zooplankton", package = "data.io")
names(zoo)

##  [1] "ecd"          "area"         "perimeter"    "feret"        "major"       
##  [6] "minor"        "mean"         "mode"         "min"          "max"         
## [11] "std_dev"      "range"        "size"         "aspect"       "elongation"  
## [16] "compactness"  "transparency" "circularity"  "density"      "class"

chart(data = zoo, ~ ecd)+
geom_histogram(bins=10)

chart(data = zoo, ~ ecd)+
geom_histogram(bins=25)

chart(data = zoo, ~ ecd)+
geom_histogram(bins=40)

chart(data = zoo, ~ ecd)+
geom_histogram(bins=55)

# Graphique sélectionné et mis au net
chart(data = zoo, ~ ecd)+
geom_histogram(bins=40)+
  ylab("Effectifs")

# partie de code venant du cours SDD1 : visualisation

• la taille du diamètre circulaire éqyivalent géneral est comprise entre 0 et 2 mm. Trés peut d’individu ont un DCE de plus de 6mm.

chart(data = zoo, ~ perimeter)+
  geom_density()+
ylab("densité")

• Il y une majorité des indifidus qui on un perimètre autour de 7mm. Il y a un petit pic autour de 17mm et un autre trés petit autour de 22mm. Trés peut depasse les 25 mm.

chart( data = zoo, area ~ class %fill=% class) +
geom_violin(show.legend = FALSE)+
coord_flip()

• Logiquement, les cnidaire, qui contienne les grande meduses sont la classe contenant les individu les plus grand du zooplancton.

 chart( data = zoo, class ~ area %fill=% class) +
  ggridges::geom_density_ridges()

## Picking joint bandwidth of 0.201

• Ce graphique met encore plus en evidence le fait que les meduse font parties des plus grand individu du plancton.

# Réduction du jeu de données zoo
zoo_sub <- sfilter(zoo, class %in% c("Poecilostomatoid", "Calanoid", "Cyclopoid", "Harpacticoid"))

chart(data = zoo_sub, ~ feret %fill=% class)+
  geom_histogram( bins= 25)+
  geom_histogram (show.legend = FALSE)+
  ylab("Effectifs") +
  
  scale_fill_viridis_d()

## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.

• les calanoid ont un diametre de feret generalement de 1. ce sont aussi eux qui possede le plus grand diametre de Feret.

chart(data = zoo_sub, ~ major %fill=% class)+
  geom_histogram( bins= 25)+
  ylab("Effectifs") +
  scale_fill_viridis_d()

• les individu avec la plus grande longuer d’ellipsoide sont les harpacticoid

chart(data = zoo_sub, ~ mean %fill=% class)+
  geom_histogram( bins= 25)+
  ylab("Effectifs") +
  scale_fill_viridis_d()